Choquequirao es una de los Santuarios Incas planificadas y estrategicamente ubicada. Segun las descripciones arqueologicas fue un importante observatorio astronomico, dedicado a relacionar los movimiento de los astros con el clima y la canlendariazacion de la produccion agricola,"Epoca de siembra, cocecha, disponibilidad del agua, etc" ligada a esta actividad, es posible suponer que otra de sus funciones haya sido un Centro Ceremonial importante, en donde se le rindio culto al Agua, por la gran cantidad de acueductos y canales encontrado en buen estado de conservacion y las caracteristicas de su arquitectura. 

Su Arquitectura esta compuesta por paredes revistidas con barro, incluso pintadas por la finesa de su construccion , denotaria que Choquequirao estuvo habitada por personajes importantes, que bien podrian tratrase de cientificos dedicados a la observacion astronomica y sacerdotes consagrados a rendirles culto. sean han encontrado pinturas y cementerios que parecen ser que confirmarian esta teoria.